民進黨政府決定實施忠誠查核來加強防止公務人員傷害國家安全，在野政黨則一致反對，而且以當年最嚴酷的白色恐怖來形容。執政當局執著以行政命令來進行忠誠查核，並未切實評估執行效能，可能只會惹得一身腥羶；在野黨忘其所以，不提中肯的反對理由，只是拿自己過去的惡行來比擬醜化，徒增彼此對立。

　　由民進黨政府來訂定忠誠查核辦法，實際上就已經非常不利，因為類似作法是民進黨過去長期反對的。而且現行規畫的辦法只是行政命令，可預見執行效果相當有限。具體來說，海軍中士洩密、陸軍中尉和國安局上校叛逃，顯然都不是忠誠查核可以預防的。

　　要靠忠誠查核找出違法者，可能是無效的，一般公務機構很難查出什麼，交給調查局偵辦，就等於訴諸於法了，人事行政局急於訂定辦法，似乎並未就實際執行效能進行評估。

　　但在野黨人士也不宜拿白色恐怖來汙辱行政部門，施明德以麥卡錫主義相稱，也是言過其實。民進黨政府根本就不可能有施行白色恐怖的能耐，尤其在立委和在野黨嚴密監督下，拿國民黨統治模式來檢驗民進黨施政是很不合理的。白色恐怖只有在戒嚴威權體制下才可能，民進黨政府連情治單位都不一定掌握得住，那裡能搞白色恐怖，如果真搞，就是在搞垮自己。

　　民進黨政府高層首長對台灣安全有很深的憂慮，試圖以忠誠查核來防止傷害國家安全情事發生，甚至極度懷疑在野政黨領袖對台灣的忠誠。相對的，在特殊的兩岸關係緊繃下，在野政治領袖忠誠遭到質疑，本身也應該多深自反省。