行政院長辭職表面上是由於第四屆新國會的成立，骨子裡大家都知道是為了「臣」服於李登輝總統。蕭萬長辭職後馬上再被李總統任命擔任原來的院長職，展開內閣改組，幾乎所有的人事布局也都是在總統意向主導下完成。全國最高行政首長成了總統的幕僚長。這樣地位被貶抑的行政院長，大約也只有當初奉命主持修憲的蕭萬長能夠勝任，因為就是那次修憲，把行政院長和立法院都削了權。

在兩蔣時期，非民選的總統靠戒嚴體制靠臨時條款，主導國政，五院院長和黨政高層主管全由一人欽定。李登輝大體上依舊循這個模式，但由於解嚴由於民主化，就必須靠修憲來維持主導政局的態勢。不僅如此，李登輝在一九九○年政爭時出怪招任命郝柏村出任行政院長，就明言國防、外交和大陸政策由其主導，郝柏村下台時並不認這個帳。如今，這已經成為行政院不可違逆的總統旨意。這次新任命的所有國防和大陸事務首長全是李登輝親點，蕭萬長完全沒有置喙的餘地。

可是，體制再怎麼改，到目前為止以及可見的將來，國防部、外交部和大陸委員會仍然是行政院轄下的部會，不可能改隸總統府。於是實質上由總統直接「任命」的部會首長，到底和他們頂頭上司，即院長，如何順利推動相關政務，恐怕在體制和實質上都會出問題，最後對國家的發展會有不利的結果。

我們體諒從威權轉入民主體制，有時有不得已的因應過渡的苦衷，尤其是對軍方人事的安排乃至控制，但是也不能因此而發展出新的不符民主精神的假總統制，以貫徹總統意志來破壞來割裂行政院的職權與功能。