國民黨執政時期，特別是最後幾年，也並不是不辦諸如賄選和淘空這類的重大案件，但實際效果有限。例如，八年前的地方議會議長賄選案到目前還未定案，朱安雄夫婦掏空公司案甚至法官表示資料太多幾乎無從審理。目前，司法機構的運作比較獨立，大體上不再受黨政機構操控，但是在制度和效能上卻仍然有所侷限，這種侷限來自於司法制度與運作依舊受到約制。也就是說，現行的司法制度在民進黨執政時期並未有根本的改變，檢調的運作改變可能會比較多一些，因為檢調機構都屬行政院法務部管轄。

　　法務部在偵辦黑金政策上似乎比較積極，但是法務部，包括部長在內也不能干預案件的偵查和起訴。在審判方面，屬於司法院系統，當前的黨政機構完全無法影響。於是，高雄市議會和新瑞都案正是在考驗在不受黨政影響下，檢調審制度是否能有效運作。值得注意的是，並不是黨政機構完全不能影響司法運作乃至制度。我們可以看到立法院對司法院預算審查，就要求司法院督導各級法院加速審判，同時以刪除某部分預算來加壓。更嚴重的是，國民黨因應高雄市議會事件，竟決定推動罷免議長的策略，後來又發現於法不合，就由國民黨立法院黨團以綁架總預算方式來推動修法。這都只是為了維護黨的利益，而不是真正要伸張正義。所幸，在輿論撻伐下，國民黨最後未能得逞。

　　這兩個重大案件有可能造成台灣民主制度與運作突破性的發展。但是如果最後仍然是雷聲大雨點小，經過漫長的偵查審判後，重要的嫌犯都無罪或受輕罰，或是多年後才定讞。那麼最近幾個月轟轟烈烈的檢調行動和輿論討伐也就只是一時的。假如是這樣，那一定是我們的司法制度和運作仍然相當老舊，必須要再加以翻修。換句話說，我們的民主體制和效能還不夠完備，還要持續不斷地有效改革。