2005年陳水扁表面上是因為立委選舉不理想而卸任黨主席，實際上是實在做不下去，總統兼任黨主席並沒有達到改變「制度」的目的，只增加了總統的負擔（多擔百斤），但擔不起。這次陳水扁對接任黨主席非常審慎，評估了許久，最後同意了，但卻聲稱感到戒慎恐懼，並表示黨主席絕對不是什麼「好康」，也非攬權，而是責任、承擔與使命。

回顧這次陳水扁再度兼任黨主席的經過，先是民進黨全部二十五個地方黨部主委，連署敦請陳水扁總統兼任黨主席，接著中常會在「總統府祕書長」主持下，快速通過議案請總統兼任黨主席，又臨時加開中執會通過擁立總統擔任黨主席。整個過程顯現民進黨至今尚未就黨主席的產生建立正常可運作的制度。

本來民進黨創黨以來，是有正規的黨主席選舉制度，但是在2000年贏得總統選舉之後，總統和黨之間的關係一直很難有明確的定位，於是在2002年在總統府祕書長運作下，搞出所謂黨政同步，促成總統兼任黨主席。陳水扁在謝長廷黨主席任滿之後接任黨主席。兩年任滿，陳水扁連任總統，也就續任第十一屆黨主席。

2004年民進黨立委選舉失利，陳水扁總統於2005年年初引咎辭黨主席職。。「總統府祕書長」蘇貞昌當選黨主席。2005年底民進黨縣市長選舉大敗，蘇貞昌循慣例辭職。由「總統府祕書長」游錫堃繼任黨主席。由於陳水扁第十一屆黨主席任期未滿，蘇貞昌和游錫堃也都算是民進黨第十一屆黨主席。這樣算來，五年來，民進黨的主席不是總統兼任就是總統府祕書長接任。先是由總統府祕書長在2002年推動黨政同步，最近則是由「總統府祕書長」主持中常會通過敦請總統兼任黨主席。在黨主席制度改變及舉任上，總統和總統府祕書長具關鍵性作用。 這樣的政治過程顯示了民進黨還沒有解決黨政關係的問題。

國民黨近百年只有七個黨主席，除了馬英九任期最短以外，任期都很長，充分顯示了威權的政治性格。民進黨成立二十年來有十個黨主席，前九屆依民主制度運作都很順當，即使在陳水扁當選總統後，謝長廷當選黨主席，也運作得很好，當年還在立委選舉大勝。

陳水扁總統自己領政不利，就來搞黨政同步，主席的擔子擔不下去了，就要自己的祕書長去接任，最後甚至造成非自己回任不可的局面。這幾年一攪和，民進黨的民主制度受到很大的傷害，接下去民進黨在民意聲望低落的陳水扁領導下將面對立委和總統選舉極為嚴酷的考驗，如果不幸慘敗，後果看起來會由本來就要下台的陳水扁負責，實際上則民進黨整體要承擔，因為是全黨擁立阿扁再來領導的。