在基本觀念上，學術研究不能等同於科學研究，而科學研究也不應被窄化成科技發展。科技方面的實質成果固有利於國計民生，但科技的根還是在於科學；科學研究雖有利於國家社會的現代化，但其根基乃在於學術。學術研究除了包括科學研究以外，還有哲學、文學、歷史、藝術等等，對人類社會有極為緊要的影響。如果把學術看做只是科學，這些人類文化的重要精華就被輕忽了。在將學術曲解成科學時，也常常會形成對社會科學的深重偏見。在國內，這種偏見一直存在，對狹義科學以外的學術發展有著相當不利的影響。現在則更由於國科會有意無意間強調應用研究，幾乎就把科學視同為科技，基礎的科學研究也受到擠壓。

　　國科會在近一年來不論在重大政策上或是在辦事細則上都有很大的改變。本來在變遷的時代，改革是必須而應受到肯定的，可是國科會的種種「改變」並沒有改革的意義，甚至對學術研究反而是有害的。學術界已經發展了不少針砭的意見，但國科會領導階層似乎態度相當強硬，依舊強勢推動各種改變計劃。最近大學教授們正因國科會研究計劃申請辦法之改變搞得手忙腳亂、怨聲載道，更有不少教授認為國科會在倒行逆施。

　　國科會突然決定更改研究計劃申請的時間與程序，規定所有計劃必須在一月底之前提出。這個時間又正好是各大學學期末，教授們忙於改考卷改報告，今年又忙著趕研究計劃。單就國科會決策者並未知覺到大學的時間表，就可看出科技官僚濃重的本位主義的色彩。也正似乎顯示國科會決策者遠離學界和校園已太久。在限時申請研究計劃方面，不只是定在一月底很不當，在基本精神上也是極為嚴重的錯誤。簡言之，以行政機關的政策來決定學術研究提出的時間，就破壞了學術自由的精神，要所有研究人員在一定的時間來想問題，來寫計劃，來同時做研究，同時寫報告，這簡直就是另外一種聯考，對極需原創力的學術研究將產生很大的破壞作用。

　　國科會研究計劃的申請在很早以前也曾採定時申請的作法，但那時是獎助合一。後來逐漸發展成隨時申請隨時審查的方式，這樣可由學者自動調節研究的時間和節奏，是一種很好的制度。因為學術研究計劃的提出需要時間蘊釀，不能像考試硬是就考題去回答問題。如果有學者在三月間有一個很成熟的計劃孕育出來了，以現行辦法不是無法提出就是晚九個月提出。對學術研究的傷害從這個例子就可以看出來。其次，在作業技術上，定時的做法也有很大的問題，例如就審查而言，案子集中就會使得審查人也忙不過來。審查研究計劃又不是改考卷，這樣大量閱卷的做法，就會使審查品質下降，會造成不公平的結果。總而言之，國科會目前改變研究計劃申請的時間與程序是一項開倒車不利學術發展的不當政策，在基本精神上有破壞學術自由的可能，在技術上又迫使學者在學期末忙上加忙，更容易造成審查上的缺失。想來想去，我們看不出定時申請對學術研究有什麼積極的助益，頂多對行政作業比較應該儘速調整改進。

　　在重要的政策方向上，國科會有意鼓勵應用研究報銷要附原計劃