雖然教育部已經將學校依性質及成立時間長短等分成九組進行評鑑，但是即使在同一分組內，學校規模乃至學科範圍仍然有很大的差異。例如在國立一這一個分組六個專業類組都有，清華和交大重理工就少了幾個類組，政大文法社會為主，也缺了一些類組，於是如果只去點算有幾個專業類組被列為較佳，台大就已經領先了。這樣子顯然並不能顯現一個學校專業整體表現是否較佳，沒有農學院、醫學院，或沒有工學院，在比較上就已經先輸了一項兩項，對有些學校就先輸得更多。因此，媒體就算是要根據評鑑報告打分數排名次，也應該起碼要用各校原有的類組來算比例才合理。例如某校有四個專業類組，四個都被評為較佳，那麼這個學校在專業類組的整體表現和台大是一樣的。然而，這次評鑑的結果實在不適合進行評等或評分，因為評鑑協會本身沒有進行真正有效度和信度的評等和評分，媒體自己去點算就是錯誤的。

　　這次評鑑實際上分成專業類組和校務類組兩方面，據了解，校務方面的評鑑在這次評鑑計畫中比專業類組還重要。校務評鑑共有六項，即教學資源、國際化程度、推廣服務、訓輔、通識教育、以及行政支援。本來，校務好壞各類學校都可以接受相同標準的評鑑，但是教育部在原始設計上，加進國際化程度和推廣服務，尤其是國際化一項，並不很妥適，因為有的學校以教學為主，有的學院才創立沒幾年，都不太可能有真正的國際化。於是據說有的學校就努力去認國外姐妹學校，和國際化幾乎沒有真正的關係。在這種情況下，媒體貿然去點算各學校有幾項較佳，也是很危險的。就校務評鑑而言，台大在六項中只有四項較佳，也並不理想。其實，學校辦得好不好，校務是為關鍵，評鑑報告就有比較詳細的評鑑說明。媒體和關心民眾可以上網去查看。（不過剛才幾次要上台灣評鑑協會的網站/www.twaea.org.tw/都失敗了，依約定，評鑑協會應將評鑑報告在網站發布，教育部應該督促該協會有效維護網站及評鑑報告之公布）。

　　雖說，大學評鑑單位一再強調這次評鑑結果並未評等，媒體自行「計算」，出了上述種種差錯，但是評鑑計畫本身沒有做出客觀可靠的評等乃至評分，仍然是不當的。同時，學校性質雖然不同，但辦學辦得好不好，還是應該有客觀標準來衡量。可惜評鑑計畫動員了三百多位學者參與，收集了各受評學校七十五個量化指標，一百多項質的指標，卻沒有辦法建構出有信度和效度等評鑑等第或分數，似乎計畫的規劃和執行也不是沒有問題。