陳水扁總統日前在二○○三世界台灣人基督徒大會表示，台灣是個主權獨立的國家，長期以來卻飽受世人忽略。催生新憲法，交給所有人民以公民投票做決定，這才是真正的民主，是建設台灣成為一個正常、完整、偉大國家必經的途徑。李前總統也以「台灣國家認同」為題，用聖經的觀點，引「出埃及記」向台灣基督徒強調，推動台灣正名的最大目的，就是要共同努力建立台灣為正常的國家，與中國畫清界線，確保萬代子孫的生活。

        根據媒體報導，「扁李同台」出席世界台灣人基督徒大會十週年感恩禮拜，在會議現場掀起高潮，基督徒歡呼聲不斷。高俊明牧師則以「從基督信仰關切台灣總統大選」為題，呼籲國人在明年的總統大選，應以是否真愛台灣、受國際尊重、確有愛心照顧弱勢、與基督信仰相同國家觀的人為考量，選出能建立新而獨立國家的新總統。

        另有新聞報導指稱長老教會日前已舉行「關切二○○四年台灣總統大選研討會」，也將成立挺扁後援會。民進黨副祕書長李應元出席這項會議後報告總統大選策略，極力取得教會的信任，有意將長老教會納為輔選的一環。據說長老教會領導階層認為如果宋當選，大中國思想再次取得主導地位，則台灣本土政權要再起，就很困難了。

        台灣基督長老教會長期關心台灣社會和國家的發展，在過去三十年間，也對台灣民主化推動有實質而重大的貢獻。即使在政教分離的民主憲政原則下，任何宗教團體仍然有表達乃至堅持自己特定立場的權利，因為任何人歸信宗教後，並沒有放棄公民權，也不應該被剝奪公民權。任何民間團體在民主社會裡也擁有表達自己政治立場從事政治活動的權利。因此，教會要支持特定的總統候選人，甚至因此而成立後援會之類的組織去為特定候選人動員，都是合法合理的。然而，基督教的宗教聚會邀請總統出席並致詞，宗教團體和總統雙方都是嚴重的錯誤。因為宗教有其神聖性和自主性，甚至應該是超越現世的。一個非基督徒到基督徒宗教聚會場所演講對神是大不敬，基督教會主其事者也就忘卻了作為神的僕人的本份。

        基督長老教會台北東門教會的盧俊義牧師，對長老教會近年來在宗教聚會時邀請總統致詞，就提出批判。他在日前一篇報紙專欄中指稱台灣人基督徒大會邀請陳水扁總統出席參加祈禱會。表面上看起來好像很不錯，似乎可讓這個大會增添許多光彩。「但長老教會總會可曾認真想過，當阿扁總統去參加祈禱會，那一大票隨扈安全人員就站在你身邊、在台上、台下，眼光左右來回掃視，再加上媒體記者此起彼落的閃光燈到處發光時，我不禁要問，這些來自世界各地的基督徒代表，要怎麼祈禱？能夠保存清靜的心與上帝對話嗎？」盧牧師在文章中也特別提到一九九五年當時的李登輝總統應邀參加長老教會來台宣教一百三十年記念會，李前總統到場時，教會正在舉行聖餐禮拜的宗教儀式，主會者竟然將儀式中斷，請總統致詞，總統致詞完就離開。

        這種情形若在媽祖廟發生，是很尋常的，因為總統就像是皇帝，比神都大，許多神還是皇帝封的！有些大廟都有前清皇帝和現任總統賜的匾呢！可是對基督教而言，總統也不是皇帝，甚至是不信神的異教徒，卻邀請他來訓話，真的是對神的褻瀆。基督教竟然淪落至此，令人感到悲哀。同時，長老教會今天這樣的身段和手法和戒嚴時期其他御用教會的表現又有什麼差別？

        宗教是神聖的，是超越在世的，政府首長是在世的領袖，但不能超越神聖的宗教。在各類宗教儀式當中，除了民間信仰外，做為俗人的政治領袖根本就沒有資格說什麼做什麼，然而，在臺灣，政治領袖依然被賦予傳統的神聖地位。陳總統和李前總統至今對真正民主國家領袖職分的了解至今並不充分。陳水扁更是選舉取向極重的政治人物，只要可能獲得選票，即使自己是一個沒有宗教信仰的人，他總是能見神說神話，見佛說佛話。

        政治人物之所以如此，也是宗教界自貶身價的關係，他們總認為總統親臨「訓詞」是無上的光榮。長老教會則後因政治理念相近，而以政治目的為主來影響宗教儀式活動，不僅違背政教分離的原則，也傷害了基督教的神聖性和教會的自主性。