謝長廷如一般預期出任行政院長。陳水扁和謝長廷從同是美麗島事件辯護律師開始，在政治上發展幾乎就是並駕齊驅，其間有競爭也有合作。如今，在陳水扁總統最後任期，邀謝長廷出任全國最高行政首長，兩人在政治上的合作達到一個最高峰。這樣的又有競爭又有合作的政治關係，確實是在當前國內政治中很正面的典範。不過，總統和閣揆之間，由於制度上的問題，也可能因為兩人政治性格的關係，也不能完全預期在以後會合作無間，毫無矛盾和衝突。

　　陳水扁總統期許謝內閣是一個協商內閣，主要還是希望能藉由謝長廷來落實政黨和解，以促成整體政治的和諧和安定。在尋求政黨和解之前，陳謝兩人必須先確保彼此合作無間的關係。就這一點而言，眼前似無問題，但長久來考慮，恐怕兩人還是要多做些努力才行。兩人從政經歷類似，但陳謝兩人政治性格、政策觀念乃至實際施行風格卻不是完全沒有衝突的，兩人仍然需要有彼此坦誠相待共同合作開創政治新局的智慧和涵養。

　　無可否認的，在民親合作破局之後，出任行政院長，本身擔負協商和解大任是十分艱鉅的。謝長廷正式受命組閣以來，似乎內外都不是很順。在內，宣稱微調，僅想調整少數職位也碰到困難。如媒體報導屬實，謝長廷在第一時間的人事布局上，似乎並不順利，這不是很好的開始。對外的關係而論，到目前為止不只沒有什麼進展，也一直為國親，尤其是國民黨所杯葛。連戰仍然在意總統敗選，而對謝長廷組閣惡言相向，說什麼是不安定內閣。謝長廷前往連戰岳母喪禮致祭，有示好之意，但實際上還沒有有助和解的效果。即將開議的國會，泛綠仍居於劣勢，而微調後的內閣，如何因新閣揆而突破立法院的阻難，似乎還沒有值得令人樂觀的跡象。

　　在行政院，乃至府院，和國親掌控的立法院對峙之際，行政院及行政院長的協商能力是極為重要而關鍵的。陳總統及朝野政界都期許謝內閣將會是一個協商內閣。謝長廷院長本身也深深以此自許，也很有信心。但是這是非常艱鉅的工作，不是光說說，甚至靠嘴巴釋出善意就可以奏效的。謝長廷口才便給一方面是正數，但是若不能落實，在另一方面可能反倒有負面的效果。中央的朝野對立，究竟不像高雄市那樣小局面的態勢，何況謝長廷近兩年在高雄走入順境也有其他的重要因素，例如議員賄選案，使議會一下子聲勢變得很小。在中央情況卻正好相反。在立委選舉中泛綠未能過半，反倒是泛藍過半，民親合作又破局，面對這樣的立法院，尤其是連戰等國親高層並無和解的意向，新內閣在謝長廷帶領下，能否在協商上有所成就，恐怕不是很樂觀的。也許在八月國民黨連戰主席卸任後，還有一些機會。

　　民進黨中央執政最大的困擾之一是內部協調有問題，不僅是行政院內部各部會之間協調有問題，五院之間協調也常常出狀況。行政院本身組織龐大，各部會職權複雜，實際上需要跨部會協力推動政務時，彼此協調不足，政務首長對政務的推動就有相當的困難。行政院本部本來應該有機制來從事良好而有效的協調，但迄今為止，情況並不是很好。行政院在五院之間，除立法院和監察院之外，不論就職權和程序，都居於關鍵的位置。特別是行政院、司法院和考試院之間。根據過去幾年的狀況，行政院並不能主動積極與司法與考試院聯繫，甚至對於重要的與三院有關法案，行政院多消極以對，常常未能積極協調相關各院，以致重大改革難以推展。

　　雖然，我們一再指出協商和解的困難，謝長廷面臨極為嚴厲的挑戰，但是我們非常期盼謝內閣能發揮最大智慧和善意促成成功的協商與和解，期待謝內閣能有效克服上述協商的種種困難。